Υπεύθυνος: Πανεπιστήμιο Κρήτης, Συμμετοχή: Πανεπιστήμιο Πατρών, ΑΝΔΡΟΜΕΔΑ Α.Ε., Τ.Ε.Ι Δυτικής Ελλάδας
Έναρξη: Μ1 ΛΗΞΗ: Μ36
ΔΙΑΡΚΕΙΑ: 36 μήνες
Σε αυτή την ενότητα εργασίας θα διερευνηθεί η σχέση των διακυμάνσεων της δομής της μικροβιακής κοινότητας των δεξαμενών νυμφικής εκτροφής και της ανάπτυξης του συνδρόμου SBS κατά τη νυμφική εκτροφή του λαβρακιού. Τα αποτελέσματα θα χρησιμοποιηθούν για τον έλεγχο της μικροβιακής κοινότητας του μέσου εκτροφής μέσω της ανάπτυξης κατάλληλης μεθοδολογίας απολύμανσης των εγκαταστάσεων πριν την έναρξη κάθε κύκλου παραγωγής. Τέλος θα διερευνηθεί η γενετική βάση του συνδρόμου SBS στο λαβράκι, προκειμένου μελλοντικά αυτό να ενταχθεί σε αντίστοιχο πρόγραμμα γενετικής βελτίωσης.
Στο τέλος της περιόδου νυμφικής εκτροφής (40-45dph), από κάθε υπό παρακολούθηση πληθυσμό (θα ληφθεί τυχαίο δείγμα 100-150 νυμφών. Θα ακολουθήσει αναισθητοποίηση (phenoxyethanol), μονιμοποίηση (ρυθμιστικό διάλυμα φορμαλίνης 5%) και χρώση των δειγμάτων με αλιζαρίνη και κυανό της Αλσατίας. Τα κεχρωσμένα δείγματα θα εξεταστούν για την ανάπτυξη σκελετικών δυσπλασιών, σύμφωνα με την τυπολογία των Fragkoulis et al. (2017a).
Σε τέσσερις από τους υπό παρακολούθηση πληθυσμούς, το υπό έλεγχο δείγμα των 100-150 ατόμων θα συμπληρωθεί με επιπλέον 400 νύμφες. Ανάλογα με τα αποτελέσματα της ανάλυσης του πρώτου δείγματος (100-150 νυμφών), ο ένας από αυτούς τους πληθυσμούς θα εξετασθεί και ως προς τις δυσπλασίες του δεύτερου δείγματος (400 νυμφών). Η εξέταση θα γίνει σε επίπεδο ατόμου, μετά από τη χρώση των δειγμάτων με αλιζαρίνη και κυανό της Αλσατίας, με κύριο στόχο την ποσοτικοποίηση της έντασης των δυσπλασιών. Ακολούθως, όλα τα δείγματα (500-550 νύμφες) θα συντηρηθούν ατομικά και θα σταλούν στη συνεργαζόμενη ομάδα του ΤΕΙ Δυτ. Ελλάδος προς εξαγωγή DNA και γενετική ταυτοποίηση (EΕ2.4).
Ο προσδιορισμός της συμβιωτικής βακτηριακής χλωρίδας θα βασιστεί στο γονίδιο 16S rRNA όπως έχει περιγραφεί στην ενότητα εργασίας 1.2. Η δειγματοληψία θα πραγματοποιηθεί όπως περιγράφεται στη σελ. 4.
Η διαδικασία που θα ακολουθηθεί έχει περιγραφεί στην ενότητα εργασίας 1.2.
Τα αποτελέσματα της ποσοτικοποίησης της έντασης των δυσπλασιών σε ατομικό επίπεδο (ΕΕ2.1) θα χρησιμοποιηθούν για την εκτίμηση γενετικών παραμέτρων (κληρονομησιμότητα και γενετικές συσχετίσεις) και την περιγραφή της αρχιτεκτονικής δομής των υπό μελέτη χαρακτήρων.
Τα δείγματα της ΕΕ2.1 θα χρησιμοποιηθούν για την απομόνωση DNA κάθε ενός ατόμου (περίπου 550 άτομα) και θα γίνει με το Nucleospin 96 Tissue kit (Machery-Nagel, Germany) σύμφωνα με τους Fragoulis et al. (2017a). Τα δείγματα θα γονοτυπηθούν για 9-10 πολυμορφικούς μικροδορυφορικούς τόπους από τον γενετικό χάρτη σύνδεσης του είδους (Louro et al. 2015) ενώ τα αποτελέσματα της γονοτύπησης θα αναλυθούν με τα λογισμικά CERVUS, Vitassign (Kalinowski et al. 2007, Vandeputte et al. 2006) για την διεξαγωγή τεστ πατρότητας (parental assignment tests). Τέλος, τα αποτελέσματα της στατιστικής ανάλυσης θα χρησιμοποιηθούν για τον διαχωρισμό και κατάταξη των ατόμων σε οικογένειες, ομοθαλών ή/και ετεροθαλών αδελφών.
Οι γενετικές και φαινοτυπικές παράμετροι του πληθυσμού (κληρονομησιμότητα, γενετικές συσχετίσεις) θα εκτιμηθούν, για τους καταγεγραμμένους χαρακτήρες του ΕΕ2.2, με τη μέθοδο της μέγιστης πιθανοφάνειας (ΑΙ- ή DF-REML), με τα λογισμικά DMU (Madsen et al. 2006) και Wombat (Meyer 2007). Οι διακυμάνσεις και συνδιακυμάνσεις θα εκτιμηθούν με τη χρήση του ζωικού μοντέλου που περιλαμβάνει προσθετικές, μητρικές, πατρικές και κυριαρχικές επιδράσεις προκειμένου να διευκρινιστεί η γενετική αρχιτεκτονική των χαρακτήρων. Με μονομεταβλητή ανάλυση θα εκτιμηθούν οι διακυμάνσεις κάθε χαρακτήρα ενώ με την πολυμεταβλητή ανάλυση θα εκτιμηθούν οι συνδιακυμάνσεις κρατώντας σταθερές τις διακυμάνσεις.
Π2.1: Ενδιάμεση Έκθεση Προόδου (18)
Π2.2 Αναφορά για την επιλογή του βέλτιστου απολυμαντικού και βακτηριοστατικού (28)
Π2.3 Πρωτόκολλο για τον έλεγχο του βακτηριακού προφίλ στο μέσο εκτροφής (32)
Π2.4 Γενεαλογικό δέντρο της ωοτοκίας και αναγνώριση οικογενειών (32)