Ανίχνευση QTL για σκελετικές δυσπλασίες

Υπεύθυνος: Πανεπιστήμιο Πατρών, Συμμετοχή: ΑΝΔΡΟΜΕΔΑ Α.Ε.

Έναρξη: Μ1 ΛΗΞΗ: Μ36

ΔΙΑΡΚΕΙΑ: 36 μήνες

Αυτή η ενότητα εργασίας περιλαμβάνει την συνέχιση ερευνητικού έργου (ΣΥΝ0619) στο οποίο συμμετείχαν 3 από τους 4 φορείς του παρόντος και στο οποίο εκτιμήθηκαν οι γενετικές παράμετροι δυσπλασιών της κεφαλής στην τσιπούρα. Δεδομένων των αποτελεσμάτων και της γενετικής δομής θα γίνει περαιτέρω μοριακή ανάλυση με επιλεκτική γονοτύπηση των οικογενειών τσιπούρας και στατιστική ανάλυση των δεδομένων με τις μεθόδους half-sib ή/και sib-pair analysis για την ανίχνευση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων (QTL).

Δράση 3.1 Επιλογή οικογενειών για την επιλεκτική γονοτύπηση.

Περίπου 20 οικογένειες θα επιλεχθούν για περαιτέρω γονοτύπηση, με κριτήριο την υψηλότερη φαινοτυπική παραλλακτικότητα ως προς τους φαινοτυπικούς χαρακτήρες (κατά βάση το μήκος ή το ποσοστό των υπό έλεγχο δυσπλασιών) που έχουν καταγραφεί στο προηγούμενο ερευνητικό έργο (ΣΥΝ0619).

Δράση 3.2. Επιλεκτική γονοτύπηση.

Τα άτομα των παραπάνω οικογενειών (περίπου 500-600) θα γονοτυπηθούν για 20-30 μικροδορυφορικούς δείκτες που βρίσκονται σε τρεις ομάδες σύνδεσης (linkage groups) σύμφωνα με τον 2ης γενιάς χάρτη σύνδεσης (linkage map) της τσιπούρας. Η μέθοδος της επιλεκτικής γονοτύπησης έχει αποδειχθεί ως η πιο αξιόπιστη μέθοδος για την μείωση του κόστους γονοτύπησης χωρίς να μειώνεται η δυνατότητα ανίχνευσης QTL. Θα αξιολογηθεί η εφαρμογή σε ομάδες σύνδεσης προηγούμενων μελετών για χαρακτήρες αύξησης ώστε να γίνει γονοτύπιση σημαντών οι οποίοι έχουν βρεθεί συνδεδεμένοι με QTL αύξησης.

Δράση 3.3. Στατιστική ανάλυση ανίχνευσης QTL.

Εν συνεχεία θα αναλυθούν τα δεδομένα γονοτύπησης με τις στατιστικές μεθόδους της ανάλυσης ετεροθαλών οικογενειών (half-sib analysis) ή/και της ανάλυσης ζευγών αδελφών (sib-pair analysis) προκειμένου να διαπιστωθεί εάν ένας η περισσότεροι των επιλεγμένων μικροδορυφορικών τόπων συνδέονται με τους υπό μελέτη χαρακτήρες. Οι δύο προηγούμενες στατιστικές μέθοδοι αποτελούν ιδιαίτερα αξιόπιστα εργαλεία στην ανίχνευση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων.

ΠΑΡΑΔΟΤΕΑ

Π3.1 Ενδιάμεση Έκθεση Προόδου (18)

Π3.2 Δεδομένα γονοτύπησης 500-600 ατόμων τσιπούρας σε 15-20 μικροδορυφορικούς σημαντές σε 2 ομάδες σύνδεσης (34)

Π3.3 Αναφορά ανίχνευσης QTL για σκελετικές δυσπλασίες γνάθων και επικαλυμματικού οστού (36)

Π3.4 Δημοσίευση (άρθρο) σε επιστημονικό περιοδικό με κριτές ή ανακοίνωση σε συνέδριο των αποτελεσμάτων της ενότητας εργασίας (36)